A atuação do ITEP nessa área é significativa no atendimento às políticas publicas de Controle da Qualidade dos alimentos destinados à exportação e ao consumo interno, bem como no desenvolvimento de novos processos e produtos no setor de laticínios, carnes e embutidos, bebidas alcoólicas e frutas.

Este é mais um campo no qual o ITEP possui competências e potencial para consolidar atividades de apoio aos Arranjos Produtivos Locais (APLs) definidos pelo Governo do Estado de Pernambuco (Uva, Vinho e Derivados, Fruticultura Irrigada, Laticínios e Caprinovinocultura), e, através de articulações com outras instituições, em atividades emergentes, como Biologia Molecular (transgênicos).

A existência de grupo de excelência na área de resíduos agrotóxicos, a infra-estrutura dos laboratórios e a qualificação dos pesquisadores fazem do ITEP uma instituição relevante para a aplicação de políticas de saúde pública, vigilância sanitária e de apoio à exportação. A área de Tecnologia de Alimentos inclui dois programas o de Controle de Qualidade de Alimentos e o de Assistência Tecnológica.